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1.MacOS下配置Rosetta安装教程
2.Windows子系统下FDS编译
3.OpenMPI编译
4.GCC 9 与 OpenMPI 4 编译安装

MacOS下配置Rosetta安装教程

       MacOS环境被认为是程程实学习和配置Rosetta的理想平台。

       罗塞塔下载

       罗塞塔有两种主要发布形式：正式版本（编号发布）和每周版本（周发行），序源由于每周版本会修复bug和新增功能，程程实推荐下载此版本源码。序源

       访问：rosettacommons.org/software...

       罗塞塔安装

       最新版本的程程实罗塞塔安装需要依赖OPENMPI和BOOST。

       1. OPENMPI编译

       openmpi下载地址

       2. 基本开发环境

       进入终端应用，序源串口app程序源码输入以下命令安装基本环境。程程实

       再次配置环境变量：

       4. 罗塞塔编译与安装

       编译多线程模式版本的序源罗塞塔，以下以调用4个核编译为例：将下载的程程实罗塞塔源代码放在桌面，解压：

       再进行环境变量配置：

       修正xxx版本号，序源并粘贴以下信息，程程实保存退出（输入":qw"按回车键）。序源

       运行编译命令：

       请耐心等待。程程实平板点菜源码

Windows子系统下FDS编译

       FDS支持跨平台安装与编译，序源适用于Windows、程程实Linux、MacOS等操作系统。本文专注于在Windows子系统（WSL）下Ubuntu环境中的编译流程。

       首先，确保Ubuntu环境已安装git和make工具。使用git从FDS仓库下载源码，通过终端执行以下命令：

       1. 安装GNU Fortran编译器：

       在命令行输入以下命令，确保gcc和gfortran版本为9。

       为了确保FDS输出正确显示编译器版本，应将gfortran链接到gfortran-9版本。openmeetings源码svn

       2. 安装Open MPI：

       从open-mpi官网获取最新版本，解压并配置安装。确保mppifort和mpirun可执行文件位于/shared/openmpi_/bin目录下，相关库文件位于/shared/openmpi_/lib目录。将这些路径添加到环境变量中。

       在.bashrc文件中添加以下命令，然后重新打开终端，检查mpirun的路径。

       3. 安装Intel Math Kernel Library（MKL）：

       前往Intel官网下载MKL，选择离线版本进行下载和安装。使用终端执行相关命令进行安装。

       4. 编译与运行FDS代码：

       安装完毕后，钛支付源码切换到fds中的指定文件夹下进行代码编译。执行编译命令，检查预处理器变量-DWITH_MKL是否正确传递给编译器。

       5. 验证编译结果：

       创建新文件夹，将编译好的文件及任意案例复制进去，执行特定命令以确保程序成功运行，并成功利用了本机的所有线程。

       完成编译与运行后，可以进一步优化配置以提升性能。为了促进技术交流，欢迎加入“FDS开发与使用交流群”：。

OpenMPI编译

       OpenMPI：开源MPI编译与使用指南

       OpenMPI是宠物源码cms一个免费且开源的MPI实现，遵循MPI-1和MPI-2标准，由社区大力支持，适用于多种高性能计算平台，以卓越性能著称。最新版本openmpi-1.6+可从其官方网站 open-mpi.org 下载源码进行安装。

       安装OpenMPI以1.6.3为例：

       解压并进入安装目录：

        $ tar zxvf openmpi-1.6.3.tar.gz

        $ cd openmpi-1.6.3

       使用配置选项进行编译，例如使用Intel工具链：

        $ ./configure --prefix=/public/software/mpi/openmpi--intel --enable-mpirun-prefix-by-default --without-psm CC=icc CXX=icpc FC=ifort F=ifort

       执行make并安装：

        $ make -j 8 && make install

       配置环境变量，确保正确路径：

        vim /public/software/profile.d/openmpi-intel-env.sh

       安装时注意，OpenMPI会检测本地通信设备，可能需要OFED驱动支持InfiniBand网络。使用ompi_info命令检查配置信息。

       编写MPI程序时，OpenMPI提供了多种语言的编译器，如mpicc、mpicxx等。例如，C/C++代码的编译示例如下：

       $ source /public/software/profile.d/openmpi-intel-env.sh

       $ mpicc -o hello hello.c

       运行MPI程序使用mpirun命令，如启动N个进程在指定节点上运行：

       $ mpirun -np N -hostfile

       其中，-np N定义进程数量，-hostfile指定计算节点及其资源分配。

       总之，OpenMPI的安装、编译和运行都有其特定步骤，遵循这些指南，你就能在HPC平台上有效地使用OpenMPI进行并行计算。

GCC 9 与 OpenMPI 4 编译安装

       文章标题：GCC 9 与 OpenMPI 4 编译安装

       在文献中发现HLBM模型用于模拟粒子流，该模型已在OpenLB 1.5中植入。为尝试使用，需OpenLB 1.5支持C++及并行OpenMPI 3.1或4.1。由于课题组节点的GCC版本为4.8.5，且无法联网，且无root权限，因此选择在节点上编译安装GCC 9.5.0和OpenMPI 4.1.4。

       本文在CentOS 7.9（虚拟机）与RedHat 7.5（节点）上进行了测试，均无报错。

       GCC 9.5.0编译安装

       首先从清华源下载GCC 9.5.0源码和依赖包，依赖包的下载建议在联网的Linux机上，先解压GCC源码包，执行./contrib/download_prerequisites自动下载依赖包。然后，将所有文件上传到节点。

       将源码包和依赖包保存在/home/username/pack下，安装路径为/home/username/App，环境变量脚本放在/home/username/Script。编译GCC 9.5.0时，需要大约9GB硬盘空间（解压后1GB，编译中间文件6G，安装文件1.4GB）与1小时左右的机时（视硬件情况）。编译过程分为三步：设置configure、生成Makefile、执行Makefile进行编译、安装。

       在编译时，建议使用绝对路径设置configure，并且使用--disable-multilib只编译位的库、--enable-bootstrap追踪错误信息、--enable-checking=release以Debug方式编译。安装后，通过source ~/Script/enable_gcc-9.5.0.sh设置环境变量，以避免与系统GCC4.8.5冲突。

       OpenMPI 4.1.4编译安装

       OpenMPI 4.1.4的安装过程与GCC相似。下载源码后，执行自动编译安装。同样需要设置环境变量，以在需要使用时快速启动。

       OpenLB 1.5编译测试

       从OpenLB官网下载源码，根据安装指南设置环境变量，进行编译测试。测试结果保存在tmp文件夹中，可通过paraview打开进行后处理。