1.Minimap2 用户手册
Minimap2 用户手册
Minimap2是源码一个高效快速的序列比对工具，专门用于处理长读段数据，源码如PacBio或Oxford Nanopore基因组读取。源码它能够映射长读段或组装到参考基因组，源码并提供详细比对选项。源码Minimap2以PAF或SAM格式输出结果。源码手机远控 源码主要功能包括：成对映射（默认输出格式）：PAF格式，源码每行至少包含个字段，源码用于显示映射位置。源码
限制：在长低复杂性区域，源码可能产生次优比对，源码因种子位置可能不理想。源码
编译要求：需要SSE2或NEON指令集，源码可选不支持以减慢程序速度。源码
Minimap2适用于多种应用场景，源码插件源码使用如：映射长噪声读段，处理人类基因组等大型数据库。
查找读段间的重叠。
剪接感知比对，包括PacBio Iso-Seq、Nanopore cDNA或RNA数据。
比对Illumina短读段。json网站源码
组装比对。
两个物种的全基因组比对，差异度低于%。
性能优势：处理噪声读取序列时，Minimap2的速度远超主流映射器。
对于kb以上序列，性能显著优于BLASR、极光盒子源码BWA-MEM、NGMLR和GMAP。
在长读取映射上更准确，比对具有生物学意义，适合后续分析。
对于Illumina短读取，Minimap2速度更快，啊译源码准确性与BWA-MEM和Bowtie2相当。
安装与使用：预编译二进制文件可从发布页面获取。
从源代码编译需安装C编译器、GNU make和zlib开发文件。
支持SIMD Everywhere (SIMDe)库实现移植，适用于不同SIMD指令集。
可无缝处理gzip压缩的FASTA和FASTQ格式输入。
构建参考数据库的最小化索引，加速映射过程。
使用选项调整参数以优化性能和准确性。
使用案例与参数调整：选择预设选项以获得最佳性能和准确性。
映射长噪声基因组读取时，调整参数以匹配数据类型。
映射长mRNA/cDNA读取时，使用特定选项加快比对速度，提高准确性。
通过基因组注释优化比对过程。
调整剪接参数以适应不同数据类型。
高级功能与限制：处理>个CIGAR操作的SAM格式，可能需要选项-L将长CIGAR移动到CG标签。
可选的cs标签编码不匹配和INDEL处的碱基信息，便于后续分析。
Minimap2附带的paftools.js脚本用于处理PAF格式比对并提供评估工具。
详细算法概览和开发者指南提供API文档，支持C和Python接口。
限制在长低复杂性区域可能产生次优比对。
总的来说，Minimap2是一个功能丰富、性能高效的序列比对工具，适用于多种大规模数据比对任务，提供灵活的参数调整以适应不同数据类型和需求。
