1.代码是无源什么意思?
2.链桨PaddleDTX系列 - xdb源码分析(一)
3.分子对接程序DSDP的安装和使用
代码是什么意思?
代码 含意
0 0x 作业完成。
1 0x 不正确的码源码函数。
2 0x 系统找不到指定的无源档案。
3 0x 系统找不到指定的码源码路径。
4 0x 系统无法开启档案。无源
5 0x 拒绝存取。码源码ico空投源码
6 0x 无效的无源代码。
7 0x 储存体控制区块已毁。码源码
8 0x 储存体空间不足,无源无法处理这个指令。码源码
9 0x 储存体控制区块地址无效。无源
0xA 环境不正确。码源码
0xB 尝试加载一个格式错误的无源程序。
0xC 存取码错误。码源码
0xD 资料错误。无源
0xE 储存体空间不够,无法完成这项作业。
0xF 系统找不到指定的磁盘驱动器。
0x 无法移除目录。
0x 无法移除目录。
0x 系统无法将档案移到 其它的磁盘驱动器。
0x 没有任何档案。
0x 储存媒体为写保护状态。
0x 系统找不到指定的装置。
0x 装置尚未就绪。
0x 装置无法识别指令。
0x 资料错误 (cyclic redundancy check)
0x 程序发出一个长度错误的指令。
0x 磁盘驱动器在磁盘找不到 持定的扇区或磁道。
0xA 指定的磁盘或磁盘无法存取。
0xB 磁盘驱动器找不到要求的扇区。
0xC 打印机没有纸。
0xD 系统无法将资料写入指定的磁盘驱动器。
0xE 系统无法读取指定的装置。
0xF 连接到系统的某个装置没有作用。
0x The process cannot access the file because it is being
used by another process.
0x 档案的一部份被锁定, 现在无法存取。
0x 磁盘驱动器的磁盘不正确。 请将 %2 (Volume Serial
Number: %3) 插入磁盘机%1。
0x 开启的分享档案数量太多。
0x 到达档案结尾。
0x 磁盘已满。
0x 不支持这种网络要求。
0x 远程计算机无法使用。
0x 网络名称重复。
0x 网络路径找不到。
0x 网络忙碌中。
0x The specified network resource or device is no longer
available.
0x The network BIOS command limit has been reached.
0x 网络配接卡发生问题。
0xA 指定的服务器无法执行要求的作业。
0xB 网络发生意外错误。
0xC 远程配接卡不兼容。
0xD 打印机队列已满。
0xE 服务器的wetool源码空间无法储存等候打印的档案。
0xF 等候打印的档案已经删除。
0x 指定的网络名称无法使用。
0x 拒绝存取网络。
0x 拒绝存取网络。
0x 网络资源类型错误。
0x 网络名称找不到。
0x 超过区域计算机网络配接卡的名称限制。
0x 超过网络 BIOS 作业阶段的限制。
0x 远程服务器已经暂停或者正在起始中。
0x 由于联机数目已达上限,此时无法再联机到这台远程计算机。
0x 指定的打印机或磁盘装置已经暂停作用。
0x 档案已经存在。
0x 无法建立目录或档案。
0x INT 0x 处理这项要求的储存体无法使用。
0x 近端装置名称已经在使用中。
0x 指定的网络密码错误。
0x 参数错误。
0x 网络发生资料写入错误。
0x 此时系统无法执行其它行程。
0x 无法建立其它的系统 semaphore。
0x 属于其它行程专用的 semaphore.
0x semaphore 已经设定,而且无法关闭。
0x 无法指定 semaphore 。
0x 在岔断时间无法要求专用的 semaphore 。
0x 在岔断时间无法要求专用的 semaphore 。
0x 此 semaphore 先前的拥有权已经结束。
0xA 请将磁盘插入 %1。
0xB 因为代用的磁盘尚未插入,所以程序已经停止。
0xC 磁盘正在使用中或被锁定。
0xD Pipe 已经中止。
0xE 系统无法开启指定的 装置或档案。
0xF 档名太长。
0x 磁盘空间不足。
0x 没有可用的内部档案标识符。
0x 目标内部档案标识符不正确。
0x 由应用程序所执行的 IOCTL 呼叫 不正确。
0x 写入验证参数值不正确。
0x 系统不支持所要求的指令。
0x 此项功能仅在 Win 模式有效
0x semaphore 超过逾时期间。
0xA 传到系统呼叫的资料区域 太小。
0xB 文件名、目录名称或储存体卷标语法错误。
0xC 系统呼叫层次不正确。
0xD 磁盘没有设定卷标。
0xE 找不到指定的模块。
0xF 找不到指定的程序。
0x 没有子行程可供等待。
0x 没有子行程可供等待。
0x %1 这个应用程序无法在 Win 模式下执行。feginclient源码
0x Attempt to use a file handle to an open disk
partition for an operation other than raw disk I/O.
0x 尝试将档案指针移至档案开头之前。
0x 无法在指定的装置或档案,设定档案指针。
0x JOIN 或 SUBST 指令 无法用于 内含事先结合过的磁盘驱动器。
0x 尝试在已经结合的磁盘驱动器,使用 JOIN 或 SUBST 指令。
0x 尝试在已经替换的磁盘驱动器,使 用 JOIN 或 SUBST 指令。
0x 系统尝试删除 未连结过的磁盘驱动器的连结关系。
0xA 系统尝试将磁盘驱动器结合到已经结合过之磁盘驱动器的目录。
0xB 系统尝试将磁盘驱动器替换成已经替换过之磁盘驱动器的目录。
0xC 系统尝试将磁盘驱动器替换成已经替换过之磁盘驱动器的目录。
0x 系统尝试将磁盘驱动器 SUBST 成已结合的磁盘驱动器 目录。
0xE 系统此刻无法执行 JOIN 或 SUBST。
0xF 系统无法将磁盘驱动器结合或替换同一磁盘驱动器下目录。
0x 这个目录不是根目录的子目录。
0x 目录仍有资料。
0x 指定的路径已经被替换过。
0x 资源不足,无法处理这项 指令。
0x 指定的路径这时候无法使用。
0x 指定的路径这时候无法使用。
0x 尝试要结合或替换的磁盘驱动器目录,是已经替换过的的目标。
0x CONFIG.SYS 文件未指定系统追踪信息,或是追踪功能被取消。
0x 指定的 semaphore事件 DosMuxSemWait 数目不正确。
0x DosMuxSemWait 没有执行;设定太多的 semaphore。
0x DosMuxSemWait 清单不正确。
0xA 您所输入的储存媒体标 元长度限制。
0xB 无法建立其它的执行绪。
0xC 接收行程拒绝接受信号。
0xD 区段已经被舍弃,无法被锁定。
0xE 区段已经解除锁定。
0xF 执行绪识别码的地址不正确。
0xA0 传到 DosExecPgm 的自变量字符串不正确。
0xA1 指定的路径不正确。
0xA2 信号等候处理。
0xA4 系统无法建立执行绪。
0xA7 无法锁定档案的部份范围。
0xAA 所要求的资源正在使用中。
0xAD 取消范围的锁定要求不明显。
0xAE 档案系统不支持自动变更锁定类型。
0xB4 系统发现不正确的区段号码。
0xB6 操作系统无法执行 %1。
0xB6 操作系统无法执行 %1。
0xB7 档案已存在,无法建立同一档案。
0xBA 传送的旗号错误。
0xBB 指定的exlive 源码系统旗号找不到。
0xBC 操作系统无法执行 %1。
0xBD 操作系统无法执行 %1。
0xBE 操作系统无法执行 %1
0xBF 无法在 Win 模式下执行 %1。
0xC0 操作系统无法执行 %1。
0xC1 %1 不是正确的 Win 应用程序。
0xC2 操作系统无法执行 %1。
0xC3 操作系统无法执行 %1。
0xC4 操作系统无法执行 这个应用程序。
0xC5 操作系统目前无法执行 这个应用程序。
0xC6 操作系统无法执行 %1。
0xC7 操作系统无法执行 这个应用程序。
0xC8 程序代码的区段不可以大于或等于 KB。
0xC9 操作系统无法执行 %1。
0xCA 操作系统无法执行 %1。
0xCB 系统找不到输入的环境选项。\r
0xCD 在指令子目录下,没有任何行程有信号副处理程序。
0xCE 文件名称或扩展名太长。
0xCF ring 2 堆栈使用中。
0xCF ring 2 堆栈使用中。
0xD0 输入的通用档名字元 * 或 ? 不正确, 或指定太多的通用档名字元。
0xD1 所传送的信号不正确。
0xD2 无法设定信号处理程序。
0xD4 区段被锁定,而且无法重新配置。
0xD6 附加到此程序或动态连结模块的动态连结模块太多。
0xD7 Can’t nest calls to LoadModule.
0xE6 The pipe state is invalid.
0xE7 所有的 pipe instances 都在忙碌中。
0xE8 The pipe is being closed.
0xE9 No process is on the other end of the pipe.
0xEA 有更多可用的资料。
0xF0 作业阶段被取消。
0xFE 指定的延伸属性名称无效。
0xFF 延伸的属性不一致。
0x 没有可用的资料。
0xA 无法使用 Copy API。
0xB 目录名称错误。
0x 延伸属性不适用于缓冲区。
0x 在外挂的档案系统上的延伸属性档案已经毁损。
0x 延伸属性表格文件满。
0x 指定的延伸属性代码无效。
0x 指定的延伸属性代码无效。
0xA 外挂的这个档案系统不支持延伸属性。
0x 意图释放不属于叫用者的 mutex。
0xA semaphore 传送次数过多。
0xB 只完成 Read/WriteProcessMemory 的部份要求。
0xD 系统找不到位于讯息文件 %2 中编号为 0x%1 的讯息。
0xE7 尝试存取无效的地址。
0x 运算结果超过 位。
0x 信道的另一端有一个行程在接送资料。
0x 等候行程来开启信道的另一端。
0xE2 存取延伸的属性被拒。
0xE3 由于执行绪结束或应用程序要求,hyperscan源码而异常终止 I/O 作业。
0xE4 重叠的 I/O 事件不是设定成通知状态。
0xE5 正在处理重叠的 I/O 作业。
0xE6 对内存位置的无效存取。
0xE7 执行 inpage 作业发生错误。
0xE9 递归太深,堆栈满溢。
0xEA 窗口无法用来传送讯息。
0xEB 无法完成这项功能。
0xEC 旗号无效。
0xED 储存媒体未含任何可辨识的档案系统。 请确定以加载所需
的系统驱动程序,而且该储存媒体并未毁损。
0xEE 储存该档案的外部媒体发出警告,表示该已开启档案已经无效。
0xEF 所要求的作业无法在全屏幕模式下执行。
0xF0 An attempt was made to reference a token that does
not exist.
0xF1 组态系统登录数据库毁损。
0xF2 组态系统登录机码无效。
0xF3 无法开启组态系统登录机码。
0xF4 无法读取组态系统登录机码。
0xF5 无法写入组态系统登录机码。
0xF6 系统登录数据库中的一个档案必须使用记录或其它备份还
原。 已经还原成功。
0xF7 系统登录毁损。其中某个档案毁损、或者该档案的 系统映
对内存内容毁损、会是档案无法复原。
0xF8 系统登录起始的 I/O 作业发生无法复原的错误。 系统登录
无法读入、写出或更新,其中的一个档案 内含系统登录在内存中的内容。
0xF9 系统尝试将档案加载系统登录或将档案还原到系统登录中,
但是,指定档案的格式不是系统登录文件的格式。
0xFA 尝试在标示为删除的系统登录机码,执行不合法的操作。
0xFA 尝试在标示为删除的系统登录机码,执行不合法的操作。
0xFB 系统无法配置系统登录记录所需的空间。
0xFC 无法在已经有子机码或数值的系统登录机码建立符号连结。
0xFD 无法在临时机码下建立永久的子机码。
0xFE 变更要求的通知完成,但信息 并未透过呼叫者的缓冲区传
回。呼叫者现在需要自行列举档案,找出变更的地方。
0xB 停止控制已经传送给其它服务 所依峙的一个服务。
0xC 要求的控制对此服务无效
0xF8 系统登录起始的 I/O 作业发生无法复原的错误。 系统登录
无法读入、写出或更新,其中的一个档案 内含系统登录在内存中的内容。
0xF9 系统尝试将档案加载系统登录或将档案还原到系统登录中,
但是,指定档案的格式不是系统登录文件的格式。
0xFA 尝试在标示为删除的系统登录机码,执行不合法的操作。
0xFA 尝试在标示为删除的系统登录机码,执行不合法的操作。
0xFB 系统无法配置系统登录记录所需的空间。
0xFC 无法在已经有子机码或数值的系统登录机码建立符号连结。
0xFD 无法在临时机码下建立永久的子机码。
0xFE 变更要求的通知完成,但信息 并未透过呼叫者的缓冲区传
回。呼叫者现在需要自行列举档案,找出变更的地方。
0xB 停止控制已经传送给其它服务 所依峙的一个服务。
0xC 要求的控制对此服务无效
0xC 要求的控制对此服务无效
0xD The service did not respond to the start or control
request in a timely fashion. 0xE 无法建立服务的执行绪。
0xF 服务数据库被锁定。
0x 这种服务已经在执行。
0x 帐户名称错误或者不存在。
0x 指定的服务暂停作用,无法激活。
0x 指定循环服务从属关系。
0x 指定的服务不是安装进来的服务。
0x 该服务项目此时无法接收控制讯息。
0x 服务尚未激活。
0x 无法联机到服务控制程序。
0x 处理控制要求时,发生意外状况。
0x 指定的数据库不存在。
0xA 服务传回专属于服务的错误码。
0xB The process terminated unexpectedly.
0xC 从属服务或群组无法激活。
0xD 因为登入失败,所以没有激活服务。
0xE 在激活之后,服务在激活状态时当机。
0xF 指定服务数据库锁定无效。
0x 指定的服务已经标示为删除。
0x 指定的服务已经存在。
0x 系统目前正以上一次执行成功的组态执行。
0x 从属服务不存在,或已经标示为删除。
0x 目前的激活已经接受上一次执行成功的 控制设定。
0x 上一次激活之后,就没有再激活服务。
0x 指定的名称已经用于服务名称或服务显示 名称。
0xC 已经到了磁带的最后。
0xD 到了档案标示。
0xE 遇到磁带的开头或分割区。
0xC 已经到了磁带的最后。
0xD 到了档案标示。
0xE 遇到磁带的开头或分割区。
0xF 到了档案组的结尾。
0x 磁带没有任何资料。
0x 磁带无法制作分割区。
0x 存取多重容体的新磁带时,发现目前 区块大小错误。
0x 加载磁带时,找不到磁带分割区信息。
0x 无法锁住储存媒体退带功能。
0x 无法锁住储存媒体退带功能。
0x 无法解除加载储存媒体。
0x 磁盘驱动器中的储存媒体已经变更。
0x 已经重设 I/O 总线。
0x 磁盘驱动器没有任何储存媒体。
0x 目标 multi-byte code page,没有对应 Unicode 字符。
0xA 动态链接库 (DLL) 起始例程失败。
0xB 系统正在关机。
0xC 无法中止系统关机,因为没有关机的动作在进行中。
0xD 因为 I/O 装置发生错误,所以无法执行要求。
0xE 序列装置起始失败,会取消加载序列驱动程序。
0xF 无法开启装置。这个装置与其它装置共享岔断要求 (IRQ)。
至少已经有一个使用同一IRQ 的其它装置已经开启。
0x A serial I/O operation was completed by another
write to the serial port. (The IOCTL_SERIAL_XOFF_COUNTER reached zero.)
0x 因为已经过了逾时时间,所以序列 I/O 作业完成。
(IOCTL_SERIAL_XOFF_COUNTER 不是零。)
0x 在磁盘找不到任何的 ID 地址标示。
0x 磁盘扇区 ID 字段与磁盘控制卡追踪地址 不符。
0x 软式磁盘驱动器控制卡回报了一个软式磁盘驱动器驱动程序无法识别的错误。
0x 软式磁盘驱动器控制卡传回与缓存器中不一致的结果。
0x 存取硬盘失败,重试后也无法作业。
0x 存取硬盘失败,重试后也无法作业。
0x 存取硬盘时,必须重设磁盘控制卡,但是 连重设的动作也失败。
0x 到了磁带的最后。
0xA 可用服务器储存空间不足,无法处理这项指令。
0xB 发现潜在的死锁条件。
0xC 指定的基本地址或档案位移没有适当 对齐。
0x 尝试变更系统电源状态,但其它的应用程序或驱动程序拒绝。
0x 系统 BIOS 无法变更系统电源状态。
0xE 指定的程序需要新的 Windows 版本。
0xF 指定的程序不是 Windows 或 MS-DOS 程序。
0x 指定的程序已经激活,无法再激活一次。
0x 指定的程序是为旧版的 Windows 所写的。
0x 执行此应用程序所需的链接库档案之一毁损。
0x 没有应用程序与此项作业的指定档案建立关联。
0x 传送指令到应用程序发生错误。
0x 找不到执行此应用程序所需的链接库档案。
0xB0 指定的装置名称无效。
0xB1 装置现在虽然未联机,但是它是一个记忆联机。
0xB2 尝试记忆已经记住的装置。
0xB3 提供的网络路径找不到任何网络提供程序。
0xB3 提供的网络路径找不到任何网络提供程序。
0xB4 指定的网络提供程序名称错误。
0xB5 无法开启网络联机设定文件。
0xB6 网络联机设定文件坏掉。
0xB7 无法列举非容器。
0xB8 发生延伸的错误。
0xB9 指定的群组名称错误。
0xBA 指定的计算机名称错误。
0xBB 指定的事件名称错误。
0xBC 指定的网络名称错误。
0xBD 指定的服务名称错误。
0xBE 指定的网络名称错误。
0xBF 指定的资源共享名称错误。
0xC0 指定的密码错误。
0xC1 指定的讯息名称错误。
0xC2 指定的讯息目的地错误。
0xC3 所提供的条件与现有的条件组发生冲突。
0xC4 尝试与网络服务器联机,但是 与该服务器的联机已经太多。
0xC5 其它网络计算机已经在使用这个工作群组或网域名称。
链桨PaddleDTX系列 - xdb源码分析(一)
本文基于链桨开源master分支,分析xdb模块代码。最新commit为4eee7caeebc0febdc。
xdb是基于区块链的去中心化存储系统,它实现了文件存储、文件摘要上链、副本保持证明、健康状态监控、文件迁移等功能。在代码结构上,主要包含以下部分:
blockchain模块:此模块负责实现xdb与区块链网络的交互。目前,xdb支持的区块链网络包括Xuperchain(xchain)和Fabric。以Xuperchain为例,xchain模块中的xchain.go文件包含了初始化xchain客户端的相关功能。
client模块:作为xdb的客户端工具,client模块使得用户可以通过与xdb server进行交互来实现文件操作。具体实现细节在client/http/http.go文件中。
cmd模块:这是xdb的命令行工具,通过client请求server服务,支持的功能包括文件上传、下载、查询等操作。关于cmd模块的详细用法,参考cmd/client/README.md文档。
总的来说,xdb模块的代码结构清晰,功能全面,为去中心化存储提供了强大支持。通过本文的分析,可以更直观地理解xdb模块的实现原理和使用方法。
分子对接程序DSDP的安装和使用
今年8月,我有幸参加了由北大高毅勤老师团队和华为联合举办的MindSpore SPONGE暑期学校。在这次活动中,我了解了DSDP分子对接程序,该程序的相关论文于今年6月发表在《J. Chem. Inf. Model. , , , –》期刊上。
DSDP程序将传统分子对接算法与机器学习相结合,实现了GPU加速的高性能分子对接。与常用的AutoDock Vina、DiffDock等分子对接程序相比,DSDP在盲对接的速度与精度上均有显著提升。此外,该程序还可在已知结合位点的前提下进行重对接和虚拟筛选。项目源码已发布于github。
在暑期学校期间,开发者张宏老师对DSDP程序进行了介绍。以下是我对DSDP程序安装和使用的初步总结,如有疏漏,请大家务必指出。
安装方法:
1. 下载DSDP源码。根据测试,在Ubuntu .(官方文档)和Rocky 9环境中均可使用。
2. 将项目保存在固定目录,我保存在/run/media/Programs/DSDP。
3. 使用Anaconda建立虚拟环境。
注意:务必检查torch的版本,以与cuda环境匹配。如果需要,可直接在DSDP.yml文件中更改torch版本。我这里由于通过配置文件无法正常安装,直接参考官方文档安装了2.0.1+cu版本。
4. 激活虚拟环境(后续每次使用盲对接都需要激活该环境)。
5. 编译各组件。
使用方法:盲对接
项目示例文件的test_dataset包含三个数据集,分别是DSDP_dataset、DUD-E数据集和PDBBind时间分割数据集。
对于要预测的每组复合物,需要建立一个独立的目录,其中存放配体和受体(需按规定命名)。例如,通过tree DSDP_dataset/ | head查看的示例目录结构如下:
DSDP的输入文件为pdbqt格式,可以通过AutoDockTools生成。
注:python 3版本的AutoDockTools,已经有几名Python之狐完成了部分升级,安装好之后直接用prepare_ligand4和prepare_receptor4两个命令就可以调用。
在项目根目录运行如下命令:
参数解释:
重对接
本例使用1a2b蛋白。在工作目录(不一定是项目目录)准备受体和配体的pdbqt文件,命名为protein.pdbqt和ligand.pdbqt。
运行:
注:重对接的盒子信息(沿x y z轴的最小值和最大值)需要用户提供。本例的盒子信息仅适用于本例的1a2b蛋白。
参数解释:
此外,年9月日更新的版本中,每个DSDP组件都支持--help命令来输出有关参数的信息。
DSDP数据训练
DSDP的结合位点预测部分根据PUResNet进行修改。文件train_example包含用于训练当前工作中使用的模型的脚本。应该注意的是,该文件中的训练数据集只是一个示例。整个训练数据集是EquiBind中使用的PDBBind的子集(EquiBind: Geometric Deep Learning for Drug Binding Structure Prediction)。可以从他们的网站下载此数据集:Zenodo。
测试
以PET酶IsPETase为例,下载晶体结构,去水加氢、另存为PET_protein.pdbqt,并与PET_ligand.pdbqt存放于PET目录下。通过上述命令进行盲对接,结果如图1所示。
可以看到,结合位点的搜索十分准确,且将底物定位到了SHD三联体,这与催化机理完全一致。但酯键的方向理应指向蛋白主链形成的氧负离子穴区域,这里所得结构朝向另一侧,可见盲对接的精度略有不足。
进一步在该位点的基础上进行重对接,如图2所示。(盒子中心为催化三联体,边长为 Å)
可以看到,重对接所得的构象中,羰基已经处于正确的朝向,指向Y和M的主链酰胺。以上测试证实了DSDP盲对接和重对接的可行性。
其他
重对接可以在任意目录进行,但盲对接不经修改的话只能在项目根目录进行,其中用到的文件需要自行准备并在命令行指定。个人认为这样稍有不便,因此对源码做了修改,可像重对接一样在任意目录直接进行盲对接,如下。
编译方法和重对接方法同上。盲对接方法如下,其中dataset在当前目录:
注意每次使用盲对接前都需要激活DSDP虚拟环境。