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1.Դ?源码暑期?????
2.分子对接程序DSDP的安装和使用
3.《魔兽》导演启拍新片 《静音》曝光最新概念照

源码暑期

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        7月4日7月7日,为期四天的源码暑期“第二十届中国国际动漫游戏博览会CCG EXPO ”在上海展览中心火热开展。作为国内知名游戏互联网公司,源码暑期同时也是源码暑期CCG EXPO的常客,此次恺英网络携《数码宝贝:源码》《关于我转生变成史莱姆这档事:新世界》《Mecha Party》等项目线下亮相,源码暑期同时旗下IP《百工灵》《岁时令》《KINGNET FAMILY》与数字资产平台“拾元立方”也组队参展开启各类福利活动,源码暑期c 截图 源码带着全新的源码暑期产品与热情再次与各位动漫届粉丝共享CCG EXPO这场狂欢的动漫庆典。

        今年5月底开启预约的源码暑期新游《数码宝贝:源码》首次在CCG线下曝光,展区设置了还原游戏场景的源码暑期打卡装置,亚古兽、源码暑期加布兽、源码暑期迪路兽、源码暑期巴鲁兽等耳熟能详的源码暑期数码宝贝悉数登场,格外吸睛,源码暑期引得众多玩家驻足围观拍照,源码暑期现场还设置有游戏体验区,玩家可抢先试玩游戏,作为被选召者提前出发冒险!

        《数码宝贝:源码》是由东映动画正版授权,万代南梦宫(上海)娱乐有限公司联合恺英网络共同开发的次世代数码宝贝冒险手游。研发团队采用次世代PBR写实风格数码宝贝和奇幻数码世界搭配的设计理念,期待能带给被选召者们耳目一新的直销网页源码沉浸体验。

        CCG现场还为玩家们奉上了超多惊喜福利,扫码预约并参与抽奖活动就有机会获得正版手办和游戏原创周边,来恺英网络展台现场打卡,一起传送去那个神秘的“数码世界”吧!

        正在火热预约中的正版IP游戏《关于我转生变成史莱姆这档事:新世界》展区也迎来与玩家的面对面互动,展区内超多史莱姆出没,利姆鲁与诸多人气角色的身影吸引各位转生者大人前来聚会,玩家可以挑战完成限时任务赢取周边礼品,预约游戏更有机会获得正版角色手办。

        《关于我转生变成史莱姆这档事:新世界》是一款魔国建设策略手游,由超人气动画《关于我转生变成史莱姆这档事》正版IP授权,以利姆鲁的苏醒为故事开端,众多人气角色悉数登场,再现动画人气角色战斗名场面,与你一起从村落开始自由建造利姆鲁的理想王国!游戏预计将于今年夏天正式上线。

        于今年初正式登录PlayStation海外服与Steam平台的自研VR游戏《Mecha Party(机甲派对)》亮相CCG现场,这是该游戏首次在国内公开展出,并在展区内设置了VR游戏体验区,抢先体验还未公开发布的全新Meta quest3版本。现场掀起VR热,不少玩家戴上VR穿戴设备,yii写的源码在?沉浸式全景漫游中体验休闲爽快的2v2机甲激战,在虚拟世界中感受身临其境的感觉。

        《Mecha Party》是由恺英网络原创自研VR版MOBA类多人竞技游戏,玩家化身机甲爱好者,在VR第一人称座舱中驾驶各种诙谐的机甲,单人或组队进行强社交的MOBA竞技,最多支持3v3在线对战。今年3月海外上线后获得了来自世界各地VR游戏爱好者的广泛好评,而现场体验的Meta quest3版本将于今年暑期正式与玩家见面,届时将有更多的VR爱好者一起加入机甲大战的狂欢派对。

        自研IP《百工灵》《岁时令》与数字资产平台《拾元立方》也在本次漫展中悉数亮相,涵盖手办、服饰、原创内容、周边等多个类型,通过小说、漫画、动画、游戏、文创产品等综合载体在年轻人当中普及与传播中华传统文化。电梯变频控制源码同时吉祥物品牌《KINGNET FAMILY》再度开启线下一番赏活动,各类精美周边抽不停。

        爆款产品、趣味互动、奖励丰厚,现场还有更多福利内容等待玩家探索,锁定中央大厅C,更多精彩体验,由你现场揭秘!

分子对接程序DSDP的安装和使用

       今年8月,我有幸参加了由北大高毅勤老师团队和华为联合举办的MindSpore SPONGE暑期学校。在这次活动中,我了解了DSDP分子对接程序,该程序的相关论文于今年6月发表在《J. Chem. Inf. Model. , , , –》期刊上。

       DSDP程序将传统分子对接算法与机器学习相结合,实现了GPU加速的高性能分子对接。与常用的AutoDock Vina、DiffDock等分子对接程序相比,DSDP在盲对接的速度与精度上均有显著提升。此外,该程序还可在已知结合位点的获取qq头像源码前提下进行重对接和虚拟筛选。项目源码已发布于github。

       在暑期学校期间,开发者张宏老师对DSDP程序进行了介绍。以下是我对DSDP程序安装和使用的初步总结,如有疏漏,请大家务必指出。

       安装方法:

       1. 下载DSDP源码。根据测试,在Ubuntu .(官方文档)和Rocky 9环境中均可使用。

       2. 将项目保存在固定目录,我保存在/run/media/Programs/DSDP。

       3. 使用Anaconda建立虚拟环境。

       注意:务必检查torch的版本,以与cuda环境匹配。如果需要,可直接在DSDP.yml文件中更改torch版本。我这里由于通过配置文件无法正常安装,直接参考官方文档安装了2.0.1+cu版本。

       4. 激活虚拟环境(后续每次使用盲对接都需要激活该环境)。

       5. 编译各组件。

       使用方法:盲对接

       项目示例文件的test_dataset包含三个数据集,分别是DSDP_dataset、DUD-E数据集和PDBBind时间分割数据集。

       对于要预测的每组复合物,需要建立一个独立的目录,其中存放配体和受体(需按规定命名)。例如,通过tree DSDP_dataset/ | head查看的示例目录结构如下:

       DSDP的输入文件为pdbqt格式,可以通过AutoDockTools生成。

       注:python 3版本的AutoDockTools,已经有几名Python之狐完成了部分升级,安装好之后直接用prepare_ligand4和prepare_receptor4两个命令就可以调用。

       在项目根目录运行如下命令:

       参数解释:

       重对接

       本例使用1a2b蛋白。在工作目录(不一定是项目目录)准备受体和配体的pdbqt文件,命名为protein.pdbqt和ligand.pdbqt。

       运行:

       注:重对接的盒子信息(沿x y z轴的最小值和最大值)需要用户提供。本例的盒子信息仅适用于本例的1a2b蛋白。

       参数解释:

       此外,年9月日更新的版本中,每个DSDP组件都支持--help命令来输出有关参数的信息。

       DSDP数据训练

       DSDP的结合位点预测部分根据PUResNet进行修改。文件train_example包含用于训练当前工作中使用的模型的脚本。应该注意的是,该文件中的训练数据集只是一个示例。整个训练数据集是EquiBind中使用的PDBBind的子集(EquiBind: Geometric Deep Learning for Drug Binding Structure Prediction)。可以从他们的网站下载此数据集:Zenodo。

       测试

       以PET酶IsPETase为例,下载晶体结构,去水加氢、另存为PET_protein.pdbqt,并与PET_ligand.pdbqt存放于PET目录下。通过上述命令进行盲对接,结果如图1所示。

       可以看到,结合位点的搜索十分准确,且将底物定位到了SHD三联体,这与催化机理完全一致。但酯键的方向理应指向蛋白主链形成的氧负离子穴区域,这里所得结构朝向另一侧,可见盲对接的精度略有不足。

       进一步在该位点的基础上进行重对接,如图2所示。(盒子中心为催化三联体,边长为 Å)

       可以看到,重对接所得的构象中,羰基已经处于正确的朝向,指向Y和M的主链酰胺。以上测试证实了DSDP盲对接和重对接的可行性。

       其他

       重对接可以在任意目录进行,但盲对接不经修改的话只能在项目根目录进行,其中用到的文件需要自行准备并在命令行指定。个人认为这样稍有不便,因此对源码做了修改,可像重对接一样在任意目录直接进行盲对接,如下。

       编译方法和重对接方法同上。盲对接方法如下,其中dataset在当前目录:

       注意每次使用盲对接前都需要激活DSDP虚拟环境。

《魔兽》导演启拍新片 《静音》曝光最新概念照

       曾在今年暑期推出了全球关注的魔幻大片《魔兽》的好莱坞新锐导演邓肯-琼斯,虽然总是把《魔兽2》的拍摄挂在嘴边,但事实上,他已开始筹备另一部科幻**。这部名叫《静音》(Mute)的科幻惊悚**,目前已经进入到前期筹备阶段,今日发布了最新视觉概念照。该勾勒出了令人压抑的未来城市的氛围,和《魔兽》完全不同,琼斯此次将回归到《源代码》《月球》时期的美学偏好,拍摄一部拥有个人风格的科幻片。

       《静音》有望在明年上半年杀青,年初登陆北美院线

       《静音》是一部发生在未来的惊悚片,琼斯在接受之前外媒的采访时曾明确表示,这将是他向最爱的经典**《银翼杀手》的致敬之作,而从今日发布的视觉概念图来看,画面确实充满了《银翼杀手》式的迷幻和阴暗调调。影片故事发生在未来的柏林,那是,这座世界名城市已经变成了一个非常动荡的移民城市,影片的男主角是一个酒保,他为了心爱的女友坚强地生活在这里,但女友的神秘失踪改变了他的一切。在寻找女友的过程中,他结识了一个美国外科医生,这个人物的出现引来了更可怕的危机。

       影片的明星阵容相当不俗,今年刚刚主演了《泰山归来》的瑞典性感男星亚历山大-斯卡斯加德,扮演男主角。因漫画改编**《蚁人》而在好莱坞大红大紫的保罗-路德,则扮演外科医生,与男主角有很强的对手戏。此外,曾与琼斯成功合作过高口碑科幻**《月球》的柏林影帝得主山姆-洛克威尔,也已确认加盟此片的演出。

       《静音》有望在明年上半年杀青,年初登陆北美院线,而根据琼斯的计划,《静音》的绘本小说也将在全球发行。(文 耷子)

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